Nanopore Sequencing Beyond ACGT - Andrew Laszlo, PhD

Andrew Laszlo, chercheur au laboratoire de biophysique des nanopores de l’Université de Washington, présente comment le séquençage par nanopore permet de détecter et de décoder des séquences d’ADN et d’ARN au-delà des quatre bases classiques A, C, G, T. Il commence par expliquer les limites des méthodes de séquençage traditionnelles, qui reposent sur l’appariement des bases et la reconnaissance chimique, les rendant aveugles à de nombreuses modifications biologiquement et synthétiquement pertinentes telles que la méthylation, l’hydroxyméthylation et les bases entièrement synthétiques. Il introduit ensuite les principes du séquençage par nanopore, où l’ADN traverse un nanopore et est lu en mesurant les variations de courant ionique. Ces variations reflètent les propriétés physiques des bases dans le pore, permettant la détection directe des nucléotides canoniques et non canoniques. Il discute de la technique de séquençage à voltage variable qui améliore la résolution en permettant plusieurs lectures de la même base. Il présente des travaux expérimentaux sur le séquençage de bases synthétiques telles que Z, P, B et S, qui forment des paires de bases stables et ont des applications biotechnologiques uniques. En utilisant une cartographie empirique courant-séquence, il démontre que ces bases peuvent être séquencées avec une précision prometteuse, comparable aux premiers résultats de séquençage nanopore ACGT. Il partage également des informations sur la façon dont le contexte de séquence affecte les taux d’erreur et comment de futures améliorations des données d’entraînement pourraient améliorer les performances. La présentation se termine par une session de questions-réponses où il aborde les défis de la détection de modifications et les limites actuelles du nombre de bases distinguables.