Genome wide association studies (GWAS) part 1: Historical overview

Cette vidéo, première d’une série de quatre, propose un aperçu historique des études d’association pangénomiques (GWAS). L’auteur commence par rappeler les limites des études de liaison et des études de gènes candidats, qui ont produit des résultats non réplicables pour les traits complexes. Il explique ensuite la nécessité d’une approche sans hypothèse, rendue possible par le séquençage du génome humain et la baisse des coûts. Le concept de polymorphisme nucléotidique simple (SNP) est introduit, ainsi que celui de déséquilibre de liaison (LD), qui permet de capturer la variation génétique avec un nombre limité de marqueurs. Les projets HapMap et 1000 Genomes sont présentés comme des références pour la conception de puces à ADN. L’auteur détaille le fonctionnement d’une puce à ADN et explique comment les données de génotypage sont utilisées pour imputer les SNP non mesurés. Il retrace les premières études GWAS, de l’étude pionnière sur la dégénérescence maculaire liée à l’âge en 2005 à la montée en puissance des échantillons grâce à la UK Biobank. Enfin, il tire des leçons générales sur l’architecture génétique des traits complexes : effets polygéniques, pléiotropie, importance des régions régulatrices, additivité des effets, et défis pour expliquer l’héritabilité manquante.