EP 249: Building a genetic map of inflammatory bowel disease with Carl Anderson

Dans cet épisode du Genetics Podcast, Patrick Short reçoit Carl Anderson, responsable du programme de génétique humaine au Wellcome Sanger Institute. Ils discutent du projet IBDVerse, un atlas unicellulaire de l’intestin construit à partir de biopsies de patients atteints de maladie de Crohn et de témoins sains. Carl explique comment cette ressource permet de cartographier les effets génétiques sur la régulation des gènes dans 89 types cellulaires différents, et comment elle est utilisée pour identifier les gènes perturbés par les variants associés à la maladie. Ils abordent l’évolution des traitements, notamment les anti-TNF, et l’importance de la génétique dans le développement de nouvelles thérapies. La conversation porte également sur la distinction entre formes monogéniques et polygéniques de la maladie, l’héritabilité d’environ 50%, et l’interaction gène-environnement. Carl souligne les défis liés à l’identification de sous-types de la maladie à partir de données unicellulaires, et l’impact des changements de stratégies thérapeutiques sur les phénotypes observés. Il évoque la convergence des variants codants et non codants sur les mêmes voies biologiques, et l’intérêt de scores de risque polygénique spécifiques à des voies. Enfin, il présente son projet de cohorte longitudinale multi-omique ciblant des patients hospitalisés sévères et sous-représentés, et donne des conseils aux jeunes chercheurs.