Improving fusion detection sensitivity in the TruSight Oncology 500 Panel

Cette présentation, issue du congrès annuel du Cancer Genomics Consortium 2025, porte sur l’amélioration de la détection des fusions de gènes dans le panel TruSight Oncology 500 (TSO500) en utilisant l’analyse des variants structuraux sur les données d’ADN. L’orateur, Qiliang Ding, fellow en génétique de laboratoire à la Mayo Clinic, commence par rappeler l’importance des fusions en oncologie, leurs mécanismes et leurs utilités diagnostique, pronostique et prédictive. Il décrit ensuite le panel TSO500, qui comprend un sous-panel ADN d’environ 500 gènes et un sous-panel ARN de 55 gènes, la détection des fusions reposant actuellement sur le sous-panel ARN. Cependant, environ 15 % des échantillons présentent un échec du test ARN, principalement en raison d’une quantité limitée de tissu ou d’une mauvaise qualité de l’ARN. L’hypothèse est que les données ADN, couplées à une analyse de variants structuraux, pourraient permettre de détecter les fusions. Après avoir exposé les limites (couverture ADN limitée aux exons) et les avantages (utilisation de données existantes, couverture plus large), l’orateur présente la méthodologie : utilisation de l’outil Manta et développement d’un outil maison basé sur les lectures divisées et les paires de lectures anormales. Les variants détectés sont filtrés selon des critères biologiques (présence d’un partenaire 5’ et 3’, gènes d’intérêt selon CIViC, exclusion des gènes amplifiés). Sur 573 cas de tumeurs solides, l’outil maison a détecté les 27 fusions vraies positives, contre 24 pour Manta, avec une meilleure valeur prédictive positive (96,6 % contre 89,3 %). De plus, l’analyse ADN a permis d’identifier 4 fusions supplémentaires non détectées par le sous-panel ARN, dont deux fusions thérapeutiquement pertinentes (ALK). En conclusion, l’analyse des variants structuraux sur l’ADN peut compléter, mais non remplacer, la détection par ARN, et augmenter le rendement diagnostique.